如果说社会上有关气功的争辩多是从现代科学与传统文化的对峙而引起的话，那么近来在气功论坛上的辩论则是由于宗教与气功的混杂而引发的。
从现代气功研究的角度来看，科学与气功的根本区别在于认识事物的方法有所不同。前者是外求法，它建立在人类的常态智能基础上，与事物的局部特性相作用；后者是内求法，它建立在人类的超常智能基础上，与事物的整体特性相作用。两者都是人类认知事物的有效手段，只是前者已趋成熟，后者还有待发挖完善。两者之争不仅在于其方法论基础的差异，还在于人类的绝大部分尚未具备超常智能这一基本现实。因此争论的结果必定是气功一方处于劣势，因为它与现代科学相比，缺乏了广泛的实践基础。气功最终能否为社会的大部分人所接受，一方面取决于气功自身的发展，另一方面取决于人类社会的需要。当作为主流文化的现代科学不足以应付人类日益增多的生存难题时，气功文化就有可能为大众所接受，与科学互为补充，形成人类的新文明。
从人类发展史的角度来看，气功的出现早于现有的各大宗教。虽然早期的气功活动并不叫“气功” ，但中国古人对人体生命活动的研究与论述，与现代气功研究是一脉相承的。有朋友认为气功源于宗教，练气功应遵循宗教的教理，这种观点既有违历史记载，也不符合当代气功活动的现实。从历史上看，道家思想虽然形成于春秋战国之际，但作为一种土生土长的宗教，道教的形成却晚在东汉时期。而佛教是“舶来品” ，它从印度传入中土的时间也在东汉年间。根据我国现有的历史记录，文字上对气功活动的记载不晚于春秋战国时期，如《山海经》、《道德经》等古籍就有关于气功现象的描述。出土文物先是有青海的彩陶行气双耳陶罐，经测定属马厂文化时期(公元前3000年-----前2000年) 的物件，后有战国初期的行气玉佩铭，再后有秦末汉初的马王堆汉墓导引图。这些都说明了气功并非源自佛道两教。
从气功学内部的研究来看，气功的发展经历了三个历史阶段，即朴素气功阶段、宗教气功阶段和现代气功阶段。在朴素气功阶段(东汉以前) ，气功少有神秘色彩。虽然气功在起始时期与原始宗教的巫舞有密切的关联，但原始宗教与后世的神学宗教不可同日而语。而且到了春秋战国时期，气功已摆脱了原始宗教而进入到上层社会，成为当时的士大夫修身治学的主要手段，从而开创了气功发展史上的第一个黄金时代，也造就了中国历史上百家争鸣的文化盛世。
气功与佛道结合是东汉以后的事，气功退出主流社会与汉武帝罢黜百家，独奠儒术有很大的关系。气功与宗教相结合，从气功研究的立场来看是一种异化，是对先秦百家诸子的一种背叛。但从人类发展的历史来看，这又是一种必然。因为当人类对自身的生命活动和外部世界的认识尚未充分展开之前，超常智能的活动必然带有极大的神秘性和随意性，这种神秘性不利于社会的稳定，而随意性又难以获得世人的认可。因此它的活动就只能局限在一个狭小的时空，寄望于神灵的庇护。然而，气功寄居于佛庙道观的同时，也为日后的自我否定埋下了伏笔。
气功进入当代，首先是以一种传统疗法的面目出现的，它虽然貌不惊人，却显示了强大时生命力，并为气功摆脱宗教的樊篱、成为一门独立的学问迈出了关键的一步。经过近二十年来的发展，气功似乎正处在一个微妙的境地：科学界要规范它，一部分人视之为伪科学，另一部分人视之为前科学。中医界要收容它，把它视为一种中医疗法。宗教界先是利用它，作为“先以欲钩牵，后以立佛志” 的“欲钩” ；然后是教训它，斥其为旁门小术，不得究竟。而气功界内部也众说纷纭：传统观点、创新观点、科学观点、医疗观点等不一而足。
当代气功究竟要往哪里去？我们尽可各抒己见，但切切不可丢弃气功是中国古典文化的精髓这一根本点。作为一个气功论坛，我认为凡是有利于当今气功界深入反思者-----支持；有利于气功文化重新崛起者-----拥护；有助于大家开阔视野者-----欢迎；以一家之见对气功横加指责者-----驳斥。不论来者是佛道的高僧真人，还是当今社会的专家院士，真理面前无权威。同时建议诸位朋友，不要把自己笃信不疑的教条当作普世准则，需知任何定论都是有前提条件的，举一家之说而想纵横天下，既显得自己幼稚，又无助于对真理的探讨。
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