“三清”指玉清、上清、太清而言，是三天（玉清天、上清天、太清天）与天尊（元始天尊-----亦称天宝尊、灵宝天尊-----亦称太上老君、道德天尊-----亦称混元老子或太上老君）的总名称。但是道教气功古籍中，三清之内涵有道教教义、自然神论的练功喻名之别。
（一）道教教义之三清
张陵创五斗米教时，只奉太上老君。至南朝齐梁之陶弘景，著《真灵位业图》，把封建等级制度搬入了神仙界内，将仙品分为七个阶段，每级中又有中位、左位、右位等很多品位。从第一中位至第七中位是：元始天尊、王宸帝君、金阙帝君、太上老君、九宫尚书、定禄真君、酆都大帝。对于天，道教认为共36层，最高的一层叫大罗天，天上只有一种“大梵之气”。其次是三清天，由大罗天所生的玄、元、始三气分别化成。由始气所化的清微天玉清境，原始天尊所居；由元气化成的禹余天上清境，灵宝天尊所居；由玄气化成的大赤天太清境，道德天尊所居。这三位神主管三天之仙，故又称为三洞教主。这一观点是道教神论的三清概念，是古典整体生命关的神化表现，也是三清之原始概念。
（二）属于自然神论或泛神论之三清
自然神论与泛神论是欧洲16世纪~18世纪的一种哲学思想。自然神论认为神只是作为世界的非人格的始因存在，除此之外，世界是受自然界本身规律支配。而泛神论则进一步认为，神不在自然界外，而是与自然界相同（马列主义认为这种观点实质上是唯物主义的）。我国虽然没有形成这样的哲学派别，但道教典籍中类似观点是有的。譬如，有的认为元始天尊与人等同，提出“羲皇齐驱，元始比肩”（《上品丹法节次》）的看法；有的认为神通广大的元始天尊就在人身之中，《吕祖全书·清微三品经》中说：“是此元始，居玉清中，运无量身，极大神通，分身应化，各以其神，入居人身，各各一顶，各一元始，寓居其中，为一身主，为万气宗……”这种提法实际是把古典整体生命观之天人相通学说，揉进了道教的教义，用元始天尊替代了“元气”太极之功能。
（三）三清用以代表人体之部位或气化之喻语
《三尼医世功诀》中说：“脑为髓海，又为天性都会府，犹天上之有玉清胜境，其境甚清，高居星月之上，乃太无之天。”又说，“脑为人体玉清宫，元始所居。”这里，玉清天是代表了脑的部位，元始天尊则是元神的喻语。在《吕祖全书》中，则系统指出了太脐部玄关，上清是绛宫与气海，玉清是脑。曰：
“以我观天，因见我身，亦由天清至玄之境，其中玄关，统摄诸气……然此玄关，居脐之中，非上非下，非左非右，非前非后，非浅非深，盼睐二气，嘿会精神。”又说，“凡诸修士，趺作屏息，澄清万虑……如是清静，无所缘因，乃得默运，真元之精，由于气海，上至太清，自太清境，遍历周身一切法界，至于上清禹余宫中，经乎气机，至出纳司，上会玉清，还乃下济。至于太清，大赤官中……至玄要道，以为此身此心此理，本之三清。”
这里的三清显然不是道教有神论的“三清”了。
